O GStreamer é uma estrutura multimídia usada dentro de aplicativos. Geralmente não é usado diretamente na linha de comando.
O FFmpeg também possui um conjunto de bibliotecas para uso em aplicativos, mas é principalmente conhecido pelo comando ffmpeg
. Este programa pode transcodificar arquivos de mídia e parece mais adequado para o que você deseja fazer.
Para descobrir como usar o ffmpeg, leia man ffmpeg
.