Existe uma maneira de fazer com que os componentes do shell do gnome (painel, bandeja de mensagens) apareçam abaixo dos menus pop-up de outros aplicativos, como Java e Gtk Apps.
O problema é quando existem aplicativos gtk que possuem ícones de bandeja. O menu pop-up tende a aparecer abaixo da bandeja de mensagens. Isso foi ok em 3.6 porque a bandeja de mensagens se oculta assim que o ícone é clicado. Mas a barra superior ainda é um problema para menus grandes.
Ao executar o eclipse com muitas opções no menu de contexto, os itens mais importantes, incluindo o botão de rolagem, estão sob a barra superior.
Existe alguma coisa que eu possa alterar no main.js ou panel.js para obter coisas abaixo dos menus pop-up?
Eu consegui resolver esse problema mesclando algumas correções do desktop cinnaman para o gnome-shell. Como eles resolveram isso foi introduzindo um novo grupo de janelas que irá atuar como o pai para o estágio do shell do gnome e os menus popup são mostrados no topo do grupo de janelas. Isso fará com que o menu pop-up apareça no topo do painel do shell do gnome. As mudanças estão no projeto gnome-shell e no projeto mutter.
Eu documentei as etapas para resolvê-lo em um dos meus posts
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