Às vezes, isso acontece comigo e acho que é porque a música que você está editando está tocando ou está aberta em outro aplicativo.
Se este não é o caso, então eu só posso supor que é por causa do iTunes 11. Houve alguns bugs encontrados até agora.
No entanto, isso aconteceu antes com o iTunes 10. Eu apenas o ignorei e ele pareceu se corrigir sozinho. Que tal reiniciar o seu computador ou reinstalar o iTunes para ver se alguma coisa muda?
EDIT- Também não acho que "Keep Music Files Organized" se aplique a tags ID3. Eu acho que apenas coloca a música em pastas baseadas em Album e Artist. As tags devem sempre atualizar.