A versão em inglês da página LyZ tem algumas instruções para isso, que eu presumo são os requisitos. Veja como definir o caminho de que você precisa:
Vá para Ferramentas > Preferências > Caminhos
No campo LyXServer pipe , insira ~/.lyx/lyxpipe
e salve.
Aqui está a tela de preferências. Você desejará editar o campo destacado em laranja.
Depois disso, reinicie o LyX.
EDIT: Apenas para indicar o que pode não ser o óbvio - certifique-se que este caminho é o mesmo que no painel Zotero, caixa dropby Lyx > Configurações ... > Servidor Lyx.