Qual é o seu sistema operacional? Win Vista / 7 ou XP?
Tente executar o chkdsk C: / F
Se isso não ajudar, tente reiniciar para o modo de segurança (F8 durante a inicialização > Selecione Modo de segurança) e tente excluir arquivos de lá
UPD: Eu acho que a Microsoft realmente força você a usar suas ferramentas, como Limpeza de disco
Espero que tenha sido melhorado desde o Windows XP e, na verdade, exclua os arquivos temporários ...
Além disso, você deve tentar excluir os pontos de restauração e coisas assim ...
Offtopic: Na verdade eu tive o mesmo problema com o Windows 7 conquistando o espaço livre do meu SSD (pasta WinSxS, arquivos temporários, etc ...) Isso me fez mudar para o Gentoo Linux, agora tenho o Windows 7 como máquina virtual QEMU por poucos coisas que eu não faço com frequência ...