O ponto inteiro dos grupos de volumes é conter vários volumes lógicos. A única razão pela qual posso pensar em usar grupos de volumes separados é se eles devem ser mantidos em diferentes (conjuntos de) volumes físicos (por exemplo, eu tenho uma máquina desktop com dois discos rígidos e três grupos de volume: um RAID1-ed entre o duas unidades e uma em cada unidade).
Se você pretende apenas executar o Linux nessa máquina, crie uma única partição no disco rígido, use essa partição como um PV, faça um VG contendo apenas esse PV e crie um LV por sistema de arquivos (root, home, swap ).