Você está fazendo o CHKDSK em um sistema ativo. O CHKDSK só lê as estruturas de dados no disco, não o log e não o que pode ser armazenado em cache na RAM. Isso quase sempre retornará discrepâncias e é totalmente esperado.
No seu caso, acima, um arquivo pode ser criado. O NTFS coloca todas essas informações no log, mas não necessariamente escreve o diretório ou o registro do arquivo (elas são gravadas na RAM, mas ainda não foram incluídas no disco). Se o diretório estiver gravado e não o registro do arquivo, o CHKDSK verá uma entrada de diretório inválida (o registro do arquivo é inconsistente) e informará que a entrada do diretório precisa ser excluída.
Desmontar o volume, liberá-lo ou desligá-lo fará com que todos os dados em cache sejam gravados, o que retornará o volume à consistência, portanto, o CHKDSK no relatório de inicialização não causará erros.
Finalmente, se você falhar, desde que o log tenha sido gravado, após a reinicialização, o NTFS lerá o log e atualizará todas as estruturas de disco para retorná-las à consistência. Material de banco de dados padrão.