Você já tentou usar vpnc ? vpnc é código aberto; O próprio cliente VPN da Cisco é de código fechado. Módulos de kernel de código fechado têm uma má reputação de quebrar em novos kernels. Considerando que o 2.6.39 não é particularmente novo, ele ainda é novo o suficiente para que o lançamento do vpnclient pela Cisco não esteja suportando o kernel corretamente. vpnc fornece funcionalidade semelhante, mas não depende de nenhum componente de código fechado, permitindo que você a recompile para suportar seu próprio ambiente. Melhor ainda, vpnc usa o driver tun que é embutido no kernel Linux da linha principal, então ele não precisa de seu próprio módulo de kernel personalizado.
Além disso, o comentário feito por Colin 't Hart pode estar correto, que seu fornecedor de "dispositivo embutido" pode ter personalizações de kernel que são incompatíveis com este módulo do kernel. Espero que tais incompatibilidades saiam durante o tempo de compilação e impeçam você de construir o módulo, mas isso não precisa necessariamente ser o caso.