Dependerá do fabricante do caso, que pode ou não ter fornecido furos / posições pré-perfurados para o fator de forma diferente.
É possível (sem fazer furos ou qualquer coisa) encaixar uma placa-mãe e-ATX em um gabinete grande, cujos formatos são apenas ATX e micro-ATX? O case em si deve ter espaço suficiente para colocar a placa-mãe, mas ela terá as posições de standoff certas?