Suponho que você possa armazenar seus arquivos em uma pasta oculta. Você só precisa criar .whateverfolder, então será invisível para os usuários mais básicos. Não é exatamente difícil para um usuário avançado descobrir. Você poderia criar um script de instalação / arquivo bat que envia a pasta oculta para um local do sistema, por exemplo, \ Windows \ ALocation \, em seguida, crie um link para ele. Aqui está um exemplo com uma pasta yo chamada .hidden com um arquivo .exe chamado file.exe e um arquivo INSTALL.bat.
move .hidden C:\WINDOWS\Folder\
sutil hardlink create C:\Documents and Settings\%ALLUSERSPROFILE%\Start Menu\AnAPP C:\WINDOWS\Folder\.hidden\file.exe
Isso pode precisar de alguns ajustes, mas você entendeu. (Sou usuário de Mac e não tenho como verificar se o comando exato funciona. Além disso, o sistema de arquivos do Windows Vista + é um pouco diferente, mas você deve ser capaz de descobrir isso.)
De qualquer forma, uma pasta oculta em uma pasta do sistema deve ser bem difícil de encontrar. Diga-me se você precisar de mais informações ou se o que eu coloquei não funcionar. Espero que tenha ajudado.