A única maneira segura de fazer isso seria rodar seu programa como root. Qualquer programa que precise escrever nos diretórios do sistema deve ser executado como root de qualquer maneira. Um usuário normal não tem nenhum negócio acessando esses diretórios.
Se o seu realmente quiser tornar seu sistema inseguro, você pode procurar o SUID. Embora, conforme explicado aqui , você tenha problemas para configurar o SUID para scripts.
Eu realmente não recomendo isso. Sério, apenas execute seu programa como root. Em um sistema derivado do Debian (ou qualquer outro que tenha o sudo configurado) faça:
$ sudo your_program_name
Se o sudo não estiver configurado, faça:
$ su
$ your_program_name