Sim, você pode facilmente copiar uma partição com segurança desde que não esteja montada - não tem nada a ver com estar dentro de um Live CD ou não. É muito fácil. Muitas distribuições do Linux (por exemplo, o Ubuntu) pesquisarão seus discos rígidos em busca de qualquer outro sistema inicializável e os incluirão automaticamente no menu do Grub sempre que você atualizar o kernel.
Qualquer sistema Linux inicializável serve. Seria tão fácil instalar uma cópia básica de uma distribuição regular, eu acho. Você também pode clonar as partições em arquivos em um sistema de arquivos existente - ele não precisa ser partição para partição. Existem várias ferramentas para ajudar - por exemplo, partimage.