Se você puder inicializá-lo manualmente através do menu, então tudo no lado HD está configurado corretamente (setor de inicialização, configuração do windows, etc). Portanto, o problema parece estar tendo o BIOS reconhecendo a unidade como inicializável durante a varredura de inicialização. Parece quase relacionado com o tempo da sua descrição. Unidades SATA possuem dois comutadores de jumper. Um deles, o RPS - Reduced Power Spinup, parece valer a pena investigar com a idéia de que o drive não está totalmente ligado e girando rápido o suficiente, antes que o BIOS desista dele como um dispositivo inicializável. (O outro jumper SATA, o SSC controla as emissões de radiofrequência). Além disso - suponho que você construiu a unidade diretamente nesta máquina com o CD de instalação do Windows, em vez de cloná-lo. Unidades recém-clonadas podem apresentar um problema semelhante.