Pode parecer estúpido, mas você já verificou seus itens de inicialização? Mesmo as coisas realmente estúpidas na pasta de inicialização ?! (Às vezes, o mais óbvio é o mais difícil de ver).
Exceto isso, eu estaria olhando para o gerenciador de dispositivos e todas as configurações de IRQ. Talvez você precise detalhar e ver se as coisas não estão tentando compartilhar o mesmo DMA e o intervalo de endereços também. No entanto, você deve estar OK, desde que outros dispositivos não estejam tentando usar exatamente as mesmas configurações. Caso contrário, você pode ter que entrar no BIOS para, pelo menos, alterar IRQ's se houver um conflito.
Hoje em dia, quase tudo é conectado a uma porta USB, incluindo mouses e teclados. E isso é bom para o PC comum, mas não tão bom com um servidor que pode precisar de todos os IRQs disponíveis para placas de rede, impressoras ou qualquer outra coisa. E como os teclados PS / 2 têm praticamente um IRQ1 exclusivo, você pode usá-lo para um teclado PS / 2 real. E qualquer que seja o IRQ que seu mouse esteja usando, pode ser melhor mudar isso também (a porta USB, por exemplo).
Eu não posso dizer se esse é o problema ou não, mas definitivamente vale a pena conferir as atribuições de IRQ.