O uso do FTP não é uma boa ideia para backup, pois não é seguro nem robusto.
A primeira coisa a entender é o tipo de backup que você quer - apenas alguns dados em um servidor, dados em um conjunto de estações de trabalho ou um backup total de tudo para que você possa restaurar máquinas inteiras diretamente dos backups.
Se você não tem experiência com esse tipo de coisa, eu strongmente recomendo o uso de um utilitário que automatizará tudo.
Por exemplo, o CrashPlan tem uma oferta básica gratuita que permite instalá-lo em quantas máquinas você desejar. Você pode, então, designar algumas dessas máquinas como "hosts" que outras pessoas podem fazer backup. Os backups podem ser totalmente criptografados e toda a senha do aplicativo protegida. Em qualquer data posterior, você também pode decidir expandir o backup para os próprios servidores do CrashPlan a um custo muito baixo.
Então, digamos que você tenha 10 PCs dos quais deseja fazer backup. Três deles têm muito espaço livre em disco ou você compra uma unidade externa para eles. Cada um desses três são então configurados para receber backups de TODOS os 10 PCs (sim, incluindo o PC local) - agora você tem 3 lotes de backups seguros para todos os PCs, o mínimo que você deve procurar.
O Crashplan também mantém versões antigas de arquivos, os usuários podem restaurar seus próprios arquivos, se necessário, e, o mais importante, apenas faz o backup de alterações para arquivos que não são o arquivo inteiro. Portanto, se você tiver um arquivo do Word de 100 MB em que algumas páginas são alteradas, ele só copiará as alterações, não os 100 MB completos, economizando assim a largura de banda. Também é possível desduplicar arquivos para economizar espaço.