@soandos está correto, os ícones da área de trabalho serão alterados dependendo da resolução de tela usada ao efetuar login. Uma maneira de corrigir isso é usar a mesma resolução em todas as máquinas.
[Recomendações adicionais sobre como organizar seu sistema, não fazem parte da resposta]
Na minha opinião, se você usa muito a área de trabalho remota, não use a área de trabalho para armazenar arquivos ou iniciar programas. Os arquivos devem ser armazenados na pasta inicial do usuário ou em compartilhamentos de rede, para que você não precise estar conectado à máquina para acessá-los. Todos os atalhos do programa devem estar no menu Iniciar para que você possa procurá-los rapidamente pelo nome. Suas ferramentas de gerenciamento devem ser fixadas na barra de tarefas para acesso rápido.
A área de trabalho é melhor usada para armazenamento de curto prazo que você limpa quando conclui sua sessão de usuário.