Eu tenho o mesmo problema. Ele ocorre consistentemente quando muito swap é usado no momento da suspensão. Se eu fizer
># swapoff -a
># swapon -a
para esvaziar completamente o espaço de troca antes de suspender, então a ativação será sempre imediata. Você pode confirmar isso?
Se você colocar esses comandos em um script de pré-suspensão, ele poderá funcionar como uma solução alternativa rápida e suja. O swap levará muito tempo se você tiver muitas coisas no swap. Mas você provavelmente não se importa se sua máquina vai funcionar um pouco mais depois de fechar a tampa se esse for o preço para o retorno imediato. Você tem que ter certeza, porém, que você realmente tem RAM livre suficiente antes de chamar o swapoff.
A solução alternativa é tudo menos elegante e apenas combate os sintomas. Eu vou deixar você saber se eu descobrir sobre a verdadeira razão do problema.
Apenas por interesse: estou usando partições criptografadas para ambos, meu sistema de arquivos e swap. Alguém que tem esse problema também? Eu já suspeitei que o problema pode ter a ver com isso.