Veja minha postagem no blog sobre isso:
$ ffmpeg -i youtubemusicvideo.flv -vn -acodec libvorbis result.ogg
A seleção da hora de início pode ser feita com a opção -ss hh:m:ss
e o comprimento do clipe resultante pode ser configurado em -aframes 1234
. Dê uma olhada na página de manual do ffmpeg para mais detalhes.