Reiniciar o shell parece ter resolvido o problema.
Normalmente, pressionar Alt e pressionar a tecla Tab percorre as janelas. No entanto, de repente, pressionar Alt e pressionar a tecla Tab traz o alternador de janelas como normal, mas mais pressionamentos de Tab não fazem nada; não circula pelas janelas abertas.
Estou no Ubuntu GNOME 16.04.
Reiniciar o shell parece ter resolvido o problema.
Você pode instalar o CompizConfig-Settings-Manager pelo terminal:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Ou procure por ele no centro de software do Ubuntu
Após a instalação, abra-a, role para baixo e procure por Gerenciamento do Windows
Marque a caixa de seleção: Application Switcher