Você não está totalmente explicando o que deseja fazer. Nesse caso, eu usaria um HBA SAS dedicado para conectar ao seu chassi externo. Um exemplo seria algo como os controladores LSI 9200 ou 9205. Eu deixaria os slots da placa-mãe sozinho. Quantas unidades você está tentando resolver?
Tem certeza de que seu gabinete tem conectores minisas? A maioria dos gabinetes terá conectores de 4 vias SFF-8088.