Não sei porquê, mas sei como corrigir isso.
Basta pressionar a para alternar o alinhamento das legendas entre as partes superior, central e inferior da tela.
(o MPlayer possui uma camada de controle totalmente configurável e controlada por comando que permite controlar o MPlayer usando teclado, mouse, joystick ou controle remoto (com LIRC). Veja a opção input para maneiras de personalizá-lo.)