Desde que a versão alvo do software seja menor do que a versão do Ubuntu que você está executando atualmente, não deve haver nenhum problema.
É o mesmo que instalar um programa destinado ao Vista em uma máquina com Windows 7.
Se a versão for maior do que a versão do Ubuntu que você está executando, provavelmente é um problema. Você ainda pode tentar instalá-lo, mas o sucesso é improvável.
Normalmente, o Ubuntu cuida de selecionar "a versão correta" de um pacote de software para você (através do gerenciamento de pacotes). Aplicativos como o que você mencionou em sua pergunta, que não são fornecidos através do repositório oficial de pacotes, são a exceção e não a norma (pelo menos é assim que eu me sinto).