VLC ainda vai funcionar bem ... Em primeiro lugar, não entendo totalmente a sua pergunta, no entanto, para salvar as configurações (mesmo se o computador travar) pode ser feito indo até Ferramentas > Preferências > (no canto inferior esquerdo) show settings definido como all > + Vídeo > + filteres > Ajuste de imagem > (mudar os settigns que você quer) > Salvar .
Suas preferências agora serão salvas, mesmo se você fechar o VLC ou o seu computador travar.