Sim, o que você procura é um cliente FXP. Isso realiza uma conexão FTP entre dois servidores sem que os dados passem pelo cliente originando a conexão.
No seu caso, os dois servidores seriam o mesmo servidor, apenas duas pastas diferentes.
Observe que isso precisa ser suportado no servidor em questão e você precisa de um cliente com FXP ativado, como o link