Use o processo abaixo para ativar o URL limpo com o Ubuntu 16.04:
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Ativar a reconfiguração do modo apache -
a2enmod rewrite
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coloque o código abaixo em
/etc/apache2/sites-available/000-default.conf
<Directory /var/www/html> Allowoverride All </Directory>
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service apache2 restart
Isso está funcionando para mim ...