Provavelmente é um downloader; Eu tirei imagens completas do Windows do site da MSDNAA antes e elas começam com cerca de 2MB.
Execute o exe em um desktop normal com backups (apenas no caso - eu gostaria de assumir que eles lhe dariam algum tipo de confirmação antes de fazer algo desagradável ao seu sistema). Isso provavelmente produzirá uma imagem que você pode usar para inicializar seu thin client.
Observe que nunca usei o Windows CE antes, é assim que funciona com os outros sistemas operacionais que recebi da Microsoft.