Então, aqui está o problema. Como você mencionou, NPAPI está em sua saída e aplicativos Webkit vão fazer uso pesado de seu próprio sistema de notificação embutido em vez de respeitando aquele fornecido por um ambiente de desktop [1]. A menos que alguém encontre uma maneira de interceptar as solicitações de notificação para o navegador e fazer com que ele fale em um daemon local que, por sua vez, pode falar com notify-osd
; estamos sem sorte.
Expandindo isso, o KDE permite a manipulação de botões em seu serviço de notificação, enquanto o Ubuntu não. Se eles unificaram essa ação como um recurso genérico, pode ser ainda mais viável implementar o acima. Mas ai.
[1]: Mais provavelmente, eles querem torná-lo o mais rico possível, mas sem se preocupar muito com o suporte a várias plataformas.