Parece que o Windows 7 ficou confuso.
Quando tentei instalar o Windows 7 pela primeira vez, a instalação detectou o HD como dispositivo 0 e o SSD como dispositivo 1 e as duas unidades foram informadas como o tamanho correto. Eu particionei o SSD na configuração e depois, o SSD estava mostrando como dispositivo 0, e o disco rígido estava mostrando como dispositivo 1 com um tamanho incorreto. Este parece ser o lugar onde o W7 corrompeu a idéia do tamanho do disco rígido.
No final, o modo como consegui que o sistema reconhecesse o disco rígido corretamente era limpar o SSD e reinstalar o Windows 7 do zero.