Provavelmente, é melhor usar o Applescript ou algo semelhante que lhe permita ter mais controle sobre a manipulação das propriedades das mensagens individuais.
EDIT: Levou muito mais tentativa e erro do que eu pensava que seria, mas você deve ser capaz de selecionar um lote de mensagens, executar este script e fazer cuspir pastas para cada remetente em qualquer pasta que você especificar no início. Não faz logging, mas talvez seja o suficiente para você começar.
Também observarei que o comando save [attachment] in [attachmentPath] está quebrado no Lion em 10.7 e 10.7.1 (acho que ambos), mas parece ser corrigido em 10.7.2, com base no que eu tenho lido. Então YMMV se você não estiver executando 10.7.2.
EDITAR Novamente: Mais revisões ... agora não criaremos pastas para mensagens que não tenham anexos ...
tell application "Mail"
set selectedMessages to selection
set destinationFolder to choose folder with prompt "Pick a Destination"
repeat with currentMessage in selectedMessages
repeat 1 times
set msgSender to sender of currentMessage
set msgAttachments to mail attachments of currentMessage
if (msgAttachments is equal to {}) then
exit repeat
end if
tell application "Finder"
if not (exists folder msgSender of destinationFolder) then
set senderFolder to (make new folder at destinationFolder with properties {name:msgSender})
else
set senderFolder to (folder msgSender of destinationFolder)
end if
end tell
repeat with currentAttachment in msgAttachments
if (downloaded of currentAttachment is true) then
set currentAttachmentPath to (senderFolder as string) & (name of currentAttachment)
save currentAttachment in currentAttachmentPath
end if
end repeat
end repeat
end repeat
end tell