Seu problema pode ser que, depois que o monitor externo for desligado da inatividade, as configurações se reconfigurem em uma configuração espelhada.
Em algum lugar, foi detectado que não há um monitor externo conectado (quando realmente está desligado) e "corrige" o problema. Isso evita que você desconecte o monitor externo e não consiga ver sua tela para reconfigurá-lo.
Minha solução é criar um script com os comandos para fazer sua tela da maneira que você quiser (pesquise no Google por "xrandr") e conectei-a a uma das teclas multimídia extras no meu teclado que não uso para qualquer outra coisa. Então, agora, se meus modos de vídeo estão em mung, eu simplesmente apertei a tecla e tudo está bem.