A "memória total" é a memória total gerenciada pelo kernel.
Outra coisa é usar essa memória ou impedir que o kernel use essa memória. Há muitas coisas que poderiam ser. Por exemplo, se este for um sistema operacional de 32 bits sem PAE, outros mapeamentos podem estar consumindo espaço de endereço, deixando menos de 4 GB. O BIOS usa alguma memória para estruturas que ele preenche para passar para o sistema operacional. Uma placa de vídeo com memória compartilhada pode consumir alguma memória. E assim por diante.