Como @ Elder Geek apontou em seu answer , o argumento correto para xclip é -selection e não -s :
xclip -selection primary -o >> file1.txt
No entanto, este não é o único problema. Os atalhos de teclado não são executados em um shell Bash, mas você tenta usar o redirecionamento de saída ( >> ) aqui, que é um recurso de Bash.
Portanto, você deve executar explicitamente seu comando de atalho em um shell Bash para fazer o redirecionamento funcionar:
bash -c 'xclip -selection primary -o >> file1.txt'
Você deve especificar um caminho absoluto completo para o arquivo de saída. Não tenho certeza se é necessário, mas seria melhor estilo de qualquer maneira.