Você pode importar isso para qualquer software de edição de vídeo e separar as faixas de áudio e vídeo para você. Então você só precisa recortar o começo um pouco e alinhar o áudio novamente.
Não posso recomendar nenhum software por palavra (o Windows Movie Maker não irá dividir o áudio, não acho), mas eu uso o kdenlive em um ambiente Linux.