Não, não haverá problemas, contanto que sua máquina suporte a inicialização via USB, o processo é mais ou menos o mesmo.
Versão longa:
Antes da utilização de unidades USB, o software era instalado por meio de unidades de CD e o BIOS tinha ganchos para inicializar (El Torito, etc.).
Com o surgimento do USB, as unidades USB são agora "discos rígidos" do ponto de vista do BIOS. Isso altera a forma como são inicializados e dificulta a inicialização em algumas máquinas.