Contanto que não haja danos físicos ao seu sistema, unidade USB ou danos ao BIOS, etc., é improvável que você perca a capacidade de inicializar a partir do USB.
Edit: Esta é a minha experiência em mais de dez anos de drives flash de inicialização.
Eu tive momentos em que eu baguncei o Ubuntu instalando coisas no ponto em que não consigo iniciá-lo normalmente. Eu sempre senti que não era tão ruim porque se eu estragasse meu computador, eu poderia fazer uma instalação limpa via USB. Agora estou me perguntando se há algum ponto em que isso não será possível.
Em que ponto eu não conseguiria inicializar via USB? Existe algum?
Contanto que não haja danos físicos ao seu sistema, unidade USB ou danos ao BIOS, etc., é improvável que você perca a capacidade de inicializar a partir do USB.
Edit: Esta é a minha experiência em mais de dez anos de drives flash de inicialização.