Não tenho certeza se o Ubuntu fornece plug-ins do NetBeans como pacotes, no entanto, se isso acontecer, e é dessa maneira que você instalou esse plug-in, poderá limpar ( apt-get purge
) o pacote e instalá-lo novamente.
Se isso não ajudar, a única maneira razoável seria excluir as pastas de dados do Netbeans (levá-las de volta ao estado da instalação nova) - é assim que estou acostumado ao lidar com esses problemas. O NetBeans é uma maneira complicada de editar seus arquivos de configuração manualmente.