Primeira opção:
Você acabou de confundir partes da configuração do Dock. Digite o seguinte no Terminal:
defaults write com.apple.Dock persistent-others -array {}
Segunda opção (configuração do Dock totalmente quebrada):
Jogue fora Library / Preferences / com.apple.Dock.plist no seu diretório home.
Após cada um deles, insira
killall Dock
no Terminal para reiniciar o Dock (talvez demore alguns segundos para iniciar novamente)