Eu fiz isso no passado, onde eu tinha uma unidade C: muito bloqueada. Funciona bem, mas há duas coisas a ter em conta:
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Você não ganhará muita velocidade, pois ainda está no mesmo dispositivo físico.
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Se você colocar a partição C: primeiro na unidade, a sua troca estará na borda externa do disco, que é tradicionalmente mais lenta.