Não tenho certeza do que você quer dizer com metadados. Números de inodes? Um cp -a copiará todas as permissões, links, etc. Se você quiser excluir coisas, eu usaria a opção --exclude do rsync. Se você tem arquivos esparsos (provavelmente você não faz, a menos que esteja fazendo virtualização), então você deve usar a opção -S se você for usar o rsync.
Se for a sua unidade de inicialização, você também precisará reinstalar seu gerenciador de inicialização, etc. e possivelmente configurar suas partições.