Quais drivers de dispositivo de entrada humana (HID) de terceiros você instalou? Eu vi problemas como este quando eu estava brincando com USB Overdrive. Tente desabilitar - ou, melhor ainda, desinstalar - qualquer driver de terceiros ou outro software que mexe com as configurações HID e veja se o problema desaparece.
Além disso, se você fizer uma reinicialização simples, o problema desaparece? Ou tem certeza de que você precisa reconstruir o seu kextcache para que ele desapareça?