ssh usando este comando
ssh remotehost -L3306:localhost:3306
e deixe isso aberto. Você deve então poder se conectar ao servidor mysql remoto como se estivesse rodando na máquina local. O parâmetro -L no ssh escuta essa porta na máquina local e encaminha todo o tráfego para ela através do sction ao host e porta especificados na outra extremidade.