Eu tenho um arquivo .desktop que eu uso para matar as notificações.
[Desktop Entry]
Name=Notify Kill
Comment=Kill those pesky notifications!
Exec=killall notify-osd
Icon=utilities-terminal
Type=Application
StartupNotify=true
OnlyShowIn=GNOME;Unity;
Jogue isso como notify-kill.desktop
em ~/.local/share/applications
, espere um minuto e ele aparecerá em seu traço Unity.
Para usar, basta abrir o painel e pesquisar por kill
ou notify
e ele limpará suas notificações!