Primeiramente fora; É uma boa ideia deixar o servidor executar os backups e, portanto, ser automaticamente reiniciado para eles. No entanto, eu posso entender que quer economizar energia, então ...
Você tem algum complemento adicional relacionado a energia instalado em seu Home Server que possa estar iniciando o sistema? O WHS é projetado principalmente como um dispositivo sempre ativo e eu não achei que ele tenha sido enviado inicialmente com uma tarefa "auto-wake for backup" em execução, uma vez que não era uma necessidade comum. Daí porque eu estou perguntando "Alguma outra coisa está causando o seu despertar (talvez o Lights-Out?)
Se for por design, não há uma maneira simples de desativá-lo que eu saiba, pois ele pode ser obtido de várias maneiras. Meu primeiro lugar para procurar seria o "agendador de tarefas" na caixa do servidor de origem. (Você precisará do terminal remoto para dar uma olhada)