Esse problema foi corrigido com versões mais recentes do VMWare. Estou usando a versão 3.1.3 e ela não fica mais no topo.
Esta questão parece um pouco relacionado, mas não totalmente (não estou usando dois monitores nem o modo de tela cheia). Estou executando o VMWare Player 2.5.4 no Windows XP no modo de janela normal . Infelizmente, se eu alternar para outros aplicativos, o VMWare continuará sendo a janela mais frontal. Posso evitá-lo clicando na barra de título do outro aplicativo ou se aparecer uma caixa de diálogo, mas como posso evitar completamente o modo "always-on-top" do VMWare?
Clique com o botão direito do mouse no ícone na barra de tarefas do Windows. Existe uma opção "superior" ou "sempre no topo" que você pode desmarcar?