Não há como evitar esse pop-up através das configurações do IE.
Em vez do gerenciador de senhas do IE, eu uso o add-on gratuito href="http://www.iopus.com/imacros/compare/all/"> iMacros para Internet Explorer para meus logins. Depois de criar a macro para o seu login , ela pode ser executada automaticamente e nenhum clique adicional é necessário (você pode fazer com que ela navegue até uma subpágina ao mesmo tempo).