O modelo tradicional de segurança Unix simplesmente não suporta o que você deseja. root
pode fazer tudo e todos os outros usuários são criados iguais. Relacionamentos complexos entre usuários tendem a exigir muito trabalho de root
.
Uma abordagem possível é recriar seu próprio sistema Linux dentro de uma máquina virtual de algum tipo, seja com uma abordagem linux-on-linux como User Mode Linux ou VServer, ou com uma máquina virtual generalista como qemu / kvm ou VirtualBox. Dentro da VM, você teria acesso root e seria capaz de executar confortavelmente cada aplicativo como um usuário diferente.
Você pode até executar cada aplicativo em uma máquina virtual leve separada (o VServer é provavelmente o mais adequado para isso). O projeto OLPC (um laptop por criança) tentou e achou o desempenho satisfatório, mas depois descartou a ideia, não sei por quê (talvez o compartilhamento de dados entre aplicativos fosse muito complicado?).