Seu XDG_PICTURES_DIR="$HOME/" deve ser XDG_PICTURES_DIR="$HOME/Pictures" , então abra esse arquivo cat ~/.config/user-dirs.dirs no editor de texto e corrija o problema. Após o logout e login (se simplesmente logar / sair não funcionar, tente reiniciar), a nova pasta ~/Pictures deve ser criada e mostrada no gerenciador de arquivos.
Quanto ao antigo, é um mistério onde ele pode ter desaparecido e, provavelmente, quaisquer arquivos que você tenha lá foram removidos.