Eu não sei sobre aplicativos externos, e eu não acho que você pode usar cores, pelo menos não as cores normais das etiquetas.
No entanto, o que eu faço é na minha pasta pessoal, eu tenho uma pasta chamada "SideBar folders" e lá, eu tenho um monte de pastas com alias para outras coisas, como várias pastas de projetos, aplicativos, etc. .. então eu coloquei as pastas de aliases na minha barra lateral.
Isto é particularmente útil porque eu tenho um monte de coisas (conjuntos de código php, por exemplo) que existem, em ligeira variação em 4 computadores diferentes, então eu posso ter pastas minhas, de Chris, etc com links neles com muito todos os mesmos nomes, mas um vai para a minha cópia do banco de dados, e um vai para o Chris ... n