Minha solução foi mudar de ferramentas, xdotool
funciona bem. Isso parece porque o GTK3 mudou para o X Input 2.0, o qual o xvkbd não suporta.
Minhas novas combinações de teclas são:
xdotool key "Return"
xdotool key "Control_L+u"
Que substituem:
xvkbd -xsendevent -text "\r"
xvkbd -xsendevent -text "\Cu"