Vai funcionar. Veja man rsync e a opção --update . Se você usar -u , ele ignorará totalmente os arquivos que possuem um registro de data e hora mais recente no destino. Se você não usar -u , irá verificar os arquivos e sincronizá-los se houver uma diferença (haverá no seu caso). Portanto, não use -u em sua invocação do rsync.
Além disso, por que não tentar ser empírico? Em vez de apenas perguntar, por que você não experimenta com um arquivo menor? experimente!